|
การวิเคราะห์แผนที่ความสัมพันธ์ยีน plant U-box ที่เกี่ยวข้องกับลักษณะน้ำตาลในอ้อย |
|---|---|
| รหัสดีโอไอ | |
| Title | การวิเคราะห์แผนที่ความสัมพันธ์ยีน plant U-box ที่เกี่ยวข้องกับลักษณะน้ำตาลในอ้อย |
| Creator | กฤติยา นิลแก้ว |
| Contributor | กิตติพัฒน์ อุโฆษกิจ, ที่ปรึกษา |
| Publisher | มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ |
| Publication Year | 2563 |
| Keyword | อ้อย, เครื่องหมายสนิป, ความไม่สมดุลของลิงเกจ, เทคโนโลยี PacBio single molecule real-time (SMRT) sequencing, แผนที่ความสัมพันธ์ภายในยีน, Sugarcane, Single nucleotide polymorphisms (SNPs), Linkage disequilibrium, PacBio single molecule real-time (SMRT) sequencing, Candidate gene association mapping |
| Abstract | แผนที่ความสัมพันธ์ภายในยีนเป็นเครื่องมือที่มีประสิทธิภาพในการศึกษาพันธุกรรมของลักษณะที่เกี่ยวข้องกับน้ำตาลในอ้อย งานวิจัยนี้ศึกษาความไม่สมดุลลิงเกจ (linkage disequilibrium; LD) และแผนที่ความสัมพันธ์ของยีน U-box domain-containing protein35 (SaPUB35) ที่เกี่ยวข้องกับลักษณะน้ำตาล ในตัวอย่างอ้อยที่มีความหลากหลายทางพันธุกรรมจำนวน 141 ตัวอย่าง ประกอบด้วยอ้อยพันธุ์ปรับปรุงจำนวน 73 ตัวอย่างและอ้อยที่เป็นเชื้อพันธุกรรมนำเข้าจำนวน 68 ตัวอย่าง เทคโนโลยี PacBio single molecule real-time (SMRT) sequencing สามารถระบุเครื่องหมายสนิป (single nucleotide polymorphism; SNP) ได้จำนวน 126 SNPs และอินเดล (Insertion/Deletion; InDel) จำนวน 50 InDels ภายในยีน SaPUB35 ซึ่งมีขนาด 5731 คู่เบส โดยพบว่าความแปรปรวนลำดับเบสในประชากรอ้อยเชื้อพันธุกรรมนำเข้ามากกว่าประชากรอ้อยพันธุ์ปรับปรุง การวิเคราะห์ LD ระหว่างคู่เครื่องหมายโดยใช้เกณฑ์ค่ายกกำลังสองของค่าสัมประสิทธิ์สหสัมพันธ์ระหว่างเครื่องหมายสองตำแหน่งที่ 0.1 พบว่าในประชากรพันธุ์ปรับปรุงมีขอบเขต LD 1500 คู่เบส แต่มีความเสื่อมลงมาที่ 1400 คู่เบสในประชากรเชื้อพันธุกรรมนำเข้า แสดงเป็นนัยถึงอิทธิพลของ selective sweep ซึ่งคัดเลือกการกลายที่มีผลดีในระหว่างกระบวนการปรับปรุงพันธุ์อ้อย เครื่องหมาย EST-SSR และ ILP ถูกนำมาใช้ในการประเมินโครงสร้างประชากร (population structure; Q) และความเป็นเครือญาติ (relative kinship; K) เพื่อควบคุมผลบวกลวงในการวิเคราะห์แผนที่ความสัมพันธ์ระหว่างเครื่องหมายกับลักษณะที่เกี่ยวข้องกับน้ำตาล พบว่าหลังจากควบคุม Q และ K แล้วสามารถระบุเครื่องหมาย SNP จำนวน 2 SNPs และเครื่องหมาย InDel จำนวน 2 InDels จากบริเวณอินตรอนบนยีน 4 อินตรอนที่มีความสัมพันธ์อย่างมีนัยสำคัญกับลักษณะที่เกี่ยวข้องกับน้ำตาลทั้ง 4 ลักษณะในอ้อยปลูกและอ้อยตอจากทั้งสองแปลงการทดลอง ผลการวิจัยแสดงให้เห็นว่ารูปแบบแอลลีลในอินตรอนของยีน SaPUB35 มีความเกี่ยวข้องกับลักษณะที่เกี่ยวข้องกับน้ำตาลอย่างมาก และยังมีศักยภาพในการเป็นเครื่องหมายช่วยคัดเลือกในโครงการปรับปรุงพันธุ์อ้อย |
