|
การประเมินความสามารถทนเค็มของต้นกล้าข้าวพันธุ์พื้นเมืองไทยและการเชื่อมโยงทั้งจีโนมกับลักษณะทนเค็ม |
|---|---|
| รหัสดีโอไอ | |
| Title | การประเมินความสามารถทนเค็มของต้นกล้าข้าวพันธุ์พื้นเมืองไทยและการเชื่อมโยงทั้งจีโนมกับลักษณะทนเค็ม |
| Creator | นพคุณ คุณผลวัฒนา |
| Contributor | ศุภจิตรา ชัชวาลย์, มนนันธ์ พงษ์พานิช |
| Publisher | จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย |
| Publication Year | 2558 |
| Keyword | ข้าว, ความเค็ม, Rice, Salinity |
| Abstract | การศึกษานี้มีวัตถุประสงค์เพื่อประเมินความสามารถในการทนเค็ม (9 dS/m) ของข้าวพันธุ์พื้นเมืองไทยจำนวน 174 พันธุ์ และนำข้อมูลมาใช้สำหรับวิเคราะห์การเชื่อมโยงทั้งจีโนมเพื่อระบุตำแหน่งยีนที่เกี่ยวข้องกับการตอบสนองต่อภาวะเครียดจากความเค็ม ทั้งนี้ค่าน้ำหนักสดต้นและราก น้ำหนักแห้งต้นและราก ปริมาณน้ำสัมพัทธ์ในใบ เสถียรภาพเยื่อหุ้มเซลล์ และองค์ประกอบผลผลิตถูกนำมาศึกษาในระยะต้นกล้าที่มีอายุ 14 วันซึ่งได้รับสารละลายเกลือโซเดียมคลอไรด์ส่งผลให้ดินมีความเค็มที่ระดับ 9 dS/m ระหว่างที่ทำการทดลอง นอกจากนี้การระบุความสามารถในการทนเค็มยังใช้ค่าดัชนีเสถียรภาพเพื่อประเมินความสามารถในการทนเค็มด้วย จากผลการวิเคราะห์องค์ประกอบหลักและการวิเคราะห์กลุ่มโดยใช้ค่าการตอบสนองทางสรีรวิทยาและค่าดัชนีเสถียรภาพพบว่า กลุ่มของพันธุ์ข้าวสามารถจัดกลุ่มตามความสามารถในการทนเค็ม กลุ่มพันธุ์ข้าวที่อาจเป็นแหล่งของยีนทนเค็มที่สำคัญ ได้แก่ หลวงประทาน เจ้าขาว กข1 เล้าแตก ไอไท้ อีพวง สายหยุด ดำด่าง ป้องแอ้ว ขาวกอเดียว เหลืองเตี้ย ขี้ตมพัน และเหนียวสันป่าตอง ชุดข้อมูลการตอบสนองทางสรีรวิทยาได้ถูกใช้ศึกษาการเชื่อมโยงทั้งจีโนมกับฐานข้อมูลสนิปส์จำนวน 223,800 สนิปส์เพื่อแสดงตำแหน่งสนิปส์ที่คาดว่าน่าจะมีความเชื่อมโยงกับพารามิเตอร์ของการตอบสนองทางสรีรวิทยาต่าง ๆ อย่างมีนัยสำคัญทางสถิติ (โดยมีค่า Logarithm of Significant Level [-log10(P)] ที่น้อยกว่า 10-6) จากผลการศึกษาพบว่า มีจำนวน 30 สนิปส์ที่ถูกระบุอยู่บน exon ที่มีความเกี่ยวข้องกับความสามารถในการทนเค็ม ซึ่งกระจายตัวบนทุกโครโมโซมยกเว้นโครโมโซมที่ 5 โดยค่าคะแนนความเสียหายจากความเค็มมีความสัมพันธ์กับตำแหน่งของสนิปส์ 4 สนิปส์บนโครโมโซมที่ 1 3 7 และ 11 น้ำหนักสดส่วนต้นในภาวะเครียดจากความเค็มเชื่อมโยงกับ 7 สนิปส์บนโครโมโซมที่ 1 3 4 6 7 และ 10 ในขณะที่ค่าน้ำหนักแห้งต้นมีความเชื่อมโยงกับ 2 สนิปส์บนโครโมโซมที่ 10 และ 11 ส่วนค่าน้ำหนักสดรากมีความเชื่อมโยงกับ 5 สนิปส์บนโครโมโซมที่ 1 7 8 และ 12 ทั้งนี้ตำแหน่งสนิปส์ 4 ตำแหน่งดังกล่าวถูกพบว่าเชื่อมโยงกับพารามิเตอร์น้ำหนักสดส่วนต้นและน้ำหนักแห้งส่วนรากโดยค่าน้ำหนักแห้งรากในภาวะเค็มมีความเชื่อมโยงกับ 7 สนิปส์ บนโครโมโซมที่ 2 7 8 10 11 และ 12 ค่าดัชนีเสถียรภาพของน้ำหนักสดต้น น้ำหนักสดราก น้ำหนักแห้งต้น และน้ำหนักแห้งรากให้ผลการเชื่อมโยงกับจำนวนสนิปส์ 2 4 1 และ 1 สนิปส์ตามลำดับ เมื่อศึกษาการเชื่อมโยงระหว่างค่าการตอบสนองทางสรีรวิทยากับสนิปส์โปรโมเตอร์พบว่ามี 9 ยีนเป้าหมายที่เกี่ยวข้องกับการทนเค็มและถูกพบบนโครโมโซมที่ 3 4 6 9 10 11 และ 12 ผลดังกล่าวไม่สอดคล้องกับสนิปส์ที่ถูกทำนายจากผลการเชื่อมโยงกับสนิปส์บน exon ทั้งนี้ตำแหน่งดังกล่าวจำเป็นต้องมีการศึกษาเพิ่มเติมถึงบทบาทในการทนเค็มก่อนนำไปใช้ในการปรับปรุงพันธุ์ข้าวในอนาคต |
| URL Website | cuir.car.chula.ac.th |
