|
การโคลนและการวิเคราะห์ลำดับยีนที่อยู่ถัดลงมาจาก acnB ใน Rhizobium sp. CU-A1 |
|---|---|
| รหัสดีโอไอ | |
| Title | การโคลนและการวิเคราะห์ลำดับยีนที่อยู่ถัดลงมาจาก acnB ใน Rhizobium sp. CU-A1 |
| Creator | โสรจยา แววศักดิ์ |
| Contributor | กอบชัย ภัทรกุลวณิชย์ |
| Publisher | จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย |
| Publication Year | 2549 |
| Keyword | การโคลนยีน, ลำดับนิวคลีโอไทด์, โพลิไซคลิกอะโรมาติคไฮโดรคาร์บอน, ไรโซเบียม, การย่อยสลายทางชีวภาพ, Molecular cloning, Nucleotide sequence, Polycyclic aromatic hydrocarbons, Rhizobium, Biodegradation |
| Abstract | โคลนยีนที่อยู่ถัดลงมาจาก acnB ใน Rhizobium sp. สายพันธุ์ CU-A1 ด้วยชุดโคลนยีน BD GenomeWalker[superscriptTM] Universal Kit ที่อาศัยปฏิกิริยาลูกโซ่พอลิเมอเรส โดยใช้โอลิโกนิวคลีโอไทด์ไพรเมอร์จากบริเวณปลายด้าน 3' ของ acnB ผลิตภัณฑ์จากปฏิกิริยาลูกโซ่พอลิเมอเรสขนาด 2850 bp ถูกโคลนเข้ายังพลาสมิด pGEM-T Easy ตั้งชื่อพลาสมิดนี้ว่า PJ2 จากการหาลำดับนิวคลีโอไทด์แทรกสอด พบกรอบอ่านรหัสเปิด 3 กรอบ ซึ่งมีทิศทางการถอดรหัสไปทางเดียวกัน acnF มีลำดับกรดอะมิโนที่มีความเหมือน 72% กับอัลดีไฮด์ดีไฮโดรจีเนส จาก Paracoccus denitrificans สายพันธุ์ PD1222 ORF2 มีลำดับกรดอะมิโนที่มีความเหมือน 34% กับโปรตีนในตระกูล Cytochrome P450 จาก Silicibacter pomeroyi สายพันธุ์ DSS-3 และ ORF3 มีลำดับกรดอะมิโนที่มีความเหมือน 57% กับ 5-คาร์บอกซีเมธิล-2-ไฮดรอกซีมิวโตเนตเดลตาไอโซเมอเรส จาก Polaromonas naphthalenivorans สายพันธุ์ CJ2 นอกจากนี้ยังพบบริเวณที่คาดว่าน่าจะเป็นโปรโมเตอร์หน้า ORF2 พบรหัสหยุดของ acnF และโครงสร้าง hairpin หลัง acnF จึงเป็นไปได้ว่า ancF น่าจะอยู่โอเปอรอนเดียวกับ acnAcAdAbB ที่เคยมีรายงานก่อนหน้า ส่วน RF2 และ ORF3 ถูกควบคุมโดยโปรโมเตอร์อื่นๆ ดังนั้นยีนที่เกี่ยวข้องกับการย่อยสลายอะซีแนพธิลีนใน Rhizobium sp. สายพันธุ์ CU-A1 จึงอาจไม่อยู่รวมกันเป็นกลุ่ม |
| URL Website | cuir.car.chula.ac.th |
