|
การพัฒนาเครื่องหมายดีเอ็นเอที่จำเพาะต่อยีน BADH2 ในถั่วเหลืองฝักสด |
|---|---|
| รหัสดีโอไอ | |
| Creator | 1. สุวรรณี ปาลี 2. ศุกระกาญจน์ ศรีบุญ 3. พรพันธ์ ภู่พร้อมพันธุ์ |
| Title | การพัฒนาเครื่องหมายดีเอ็นเอที่จำเพาะต่อยีน BADH2 ในถั่วเหลืองฝักสด |
| Publisher | Genetics Society of Thailand |
| Publication Year | 2558 |
| Journal Title | Thai Journal of Genetics |
| Journal Vol. | 8 |
| Journal No. | 1 |
| Page no. | 38 - 45 |
| Keyword | ยีน BADH2, ถั่วเหลืองฝักสด, กลิ่นหอม, เครื่องหมายดีเอ็นเอที่เฉพาะเจาะจงกับยีน, สาร 2AP, BADH2 gene, vegetable soybean, aroma, allele specific marker, 2AP |
| ISSN | 24081310 |
| Abstract | Aroma is an important trait in vegetable soybeans for value added quality. This character is controlled by betaine aldehyde dehydrogenase 2 (BADH2) gene. Mutation in BADH2 enzyme prevents the conversion of gamma-aminobutyraldehyde (GABald) to gamma amino butyric acid (GABA), instead, GABald in the mutant soybean is converted to 2-acetyl-1-pyrroline (2AP) responsible for aroma in vegetable soybean. The objective of this research was to develop allele specific marker for BADH2 gene. Analysis of BADH2 sequence of "Kaori" showed 2-bp deletion of TT in exon 10. Amino acid sequence analysis suggested that TTT codon coding for phenylalanine was replaced by TGA as the stop codon causing aroma. Allele specific marker was designed to obtain sharp and clear bands using the annealing temperature of 62?C and primers concentration for outer-F, inner-F, inner-R and outer-R as 0.25 ?M, 0.4 ?M, 0.1 ?M, and 0.25 ?M respectively. This technique can be applied to detect aromatic, non-aromatic and heterozygous genotypes of individuals in an F2 population. กลิ่นหอมเป็นลักษณะที่มีความสำคัญของถั่วเหลืองฝักสดทำให้สามารถเพิ่มมูลค่าทางการตลาดได้ ยีน BADH2 ควบคุมความหอม ซึ่งในถั่วเหลืองฝักสดพันธุ์หอมไม่มีเอนไซม์ BADH2 เนื่องจากเกิดการกลายของยีน BADH2 ทำให้เอนไซม์ที่สังเคราะห์ขึ้นไม่สมบูรณ์ ไม่สามารถเปลี่ยนสาร gamma-aminobutyraldehyde (GABald) เป็นสาร gamma-aminobutyric acid (GABA) ได้ แต่สารดังกล่าวจะถูกเปลี่ยนเป็นสาร 1-pyrroline และเปลี่ยนเป็นสาร 2-acetyl-1-pyrroline (2AP) ซึ่งทำให้มีกลิ่นหอม งานวิจัยครั้งนี้มีวัตถุประสงค์เพื่อพัฒนาเครื่องหมายดีเอ็นเอแบบ allele specific marker ให้เฉพาะเจาะจงกับยีน BADH2 จากการวิเคราะห์ลำดับนิวคลีโอไทด์ของยีน BADH2 พบว่า พันธุ์ Kaori เกิดการกลายแบบขาดหายไป (deletion) จำนวน 2 นิวคลีโอไทด์ คือ TT ใน exon 10 และการเปรียบเทียบลำดับกรดอะมิโนในยีน BADH2 พบว่า พันธุ์ Kaori โคดอนเปลี่ยนจาก TTT เป็น TGA จึงทำให้กรดอะมิโนเปลี่ยนจาก phenylalanine เป็น stop codon ทำให้มีกลิ่นหอม การออกแบบและทดสอบเครื่องหมายดีเอ็นเอ แบบ allele specific marker พบว่า ปฏิกิริยาพีซีอาร์สภาวะที่เหมาะสม ที่อุณหภูมิ annealing เท่ากับ 62 องศาเซลเซียส และความเข้มข้นของไพรเมอร์ outer-F, inner-F, inner-R และ outer-R เท่ากับ 0.25, 0.4, 0.1 และ 0.25 ไมโครโมลาร์ ตามลำดับ ทำให้ปรากฏแถบดีเอ็นเอได้ชัดเจน และได้นำมาทดสอบกับประชากรชั่วรุ่นที่ 2 ที่มีการกระจายตัวของยีนความหอม สามารถตรวจสอบ ต้นถั่วเหลืองฝักสดที่หอม ไม่หอม และเฮเทอโรไซกัสได้ |
