|
การประยุกต์ใช้ดีเอ็นเอเครื่องหมายแบบ InDel markers เพื่อการจำแนกซับสปีชีส์อินดิกาและ จาปอนิกาในเชื้อพันธุ์ข้าวไทย (Application of InDel markers for subspecies indica-japonica rice classification in Thai rice germplasm) |
|---|---|
| รหัสดีโอไอ | |
| Creator | 1. Preecha Prathepha 2. Kitti Srisa-ard |
| Title | การประยุกต์ใช้ดีเอ็นเอเครื่องหมายแบบ InDel markers เพื่อการจำแนกซับสปีชีส์อินดิกาและ จาปอนิกาในเชื้อพันธุ์ข้าวไทย (Application of InDel markers for subspecies indica-japonica rice classification in Thai rice germplasm) |
| Publisher | Genetics Society of Thailand |
| Publication Year | 2557 |
| Journal Title | Thai Journal of Genetics |
| Journal Vol. | 7 |
| Journal No. | 2 |
| Page no. | In Press |
| Keyword | ข้าวปลูกเอเชีย, การจำแนก, ชนิดย่อย, ดีเอ็นเอเครื่องหมาย, Asian cultivated rice, identification, subspecies, InDel DNA marker |
| ISSN | 8578664 |
| Abstract | ข้าวปลูกเอเชีย (Oryza sativa L.) จำแนกออกเป็นชนิดย่อยอินดิกาและจาปอนิกา ในการปรับปรุงพันธุกรรมข้าวโดยวิธีการผสมพันธุ์ นักปรับปรุงพันธุ์ต้องทราบถึงชนิดย่อยของเชื้อพันธุ์ข้าวที่ใช้ในการผสมพันธุ์การวิจัยนี้มีวัตถุประสงค์เพื่อประยุกต์ใช้เทคนิคการวิเคราะห์ดีเอ็นเอเครื่องหมาย InDel markers เพื่อจำแนกเชื้อพันธุ์ข้าวจำนวน 96 สายพันธุ์ และวิเคราะห์ความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมหรือโครงสร้างทางพันธุกรรมของประชากรโดยใช้โปรแกรม STRUCTURE พบว่า ข้อมูลของเครื่องหมายดีเอ็นเอหรือ InDel fingerprint สามารถใช้ในการจำแนกพันธุ์ข้าวได้ในระดับชนิดย่อยได้โดยเปรียบเทียบกับพันธุ์ข้าวอ้างอิง และผลจากการวิเคราะห์ข้อมูล InDel fingerprint โดยโปรแกรม STRUCTURE เพื่อวิเคราะห์หาจำนวนประชากรย่อยที่เหมาะสมที่สุด (K) ของกลุ่มตัวอย่างข้าวที่ใช้ทดลอง พบว่าสายพันธุ์ข้าวที่ใช้ในการทดลองแบ่งออกเป็น 3 ประชากรย่อย (K=3) คือ สายพันธุ์กลุ่มอินดิกา กลุ่มจาปอนิกา และกลุ่มลูกผสมระหว่างสองชนิดย่อยAsian cultivated rice (Oryza sativa L.) has been classified into indica and japonica subspecies. In rice breeding program, breeders need to know the subspecies (indica or japonica) of the parental lines used. In this study, Insertion/deletion (InDel) DNA markers was used to determine the indica and japonica subspecies of Thai rice germplasm. We analyzed a set of 96 rice accessions and STRUCTURE analysis was conducted to examine the genetic clusters and relationships of rice accessions, within an appropriate number of subpopulations (K-value). The results showed that InDel fingerprints can effectively determine the indica and japonica features of the rice germplasm when compared to the reference rice accessions both the indica and japonica types. STRUCTURE analysis clearly indicated that genetic differentiation of 96 rice accessions was assigned into three subpopulations (K=3), each subpopulation represented by three components, namely indica, japonica and hybrids which showed complex genetic constitution with combination of both indica and japonica. |
