|
การวิเคราะห์แบ่งกลุ่มและการค้นหาโมดูลการทำงานของยีนจากข้อมูลการแสดงออกของยีนในรากมันสำปะหลัง |
|---|---|
| รหัสดีโอไอ | |
| Creator | พรทิพย์ เดชพิชัย |
| Title | การวิเคราะห์แบ่งกลุ่มและการค้นหาโมดูลการทำงานของยีนจากข้อมูลการแสดงออกของยีนในรากมันสำปะหลัง |
| Contributor | ฟารีดา พึ่งเพียร, สิริลักษณ์ สิทธิพูนปราชญา, ชื่นชม ศาลิคุปต, ตรีนุช สายทอง, เสาวลักษณ์ กัลปณุลักษณ์ |
| Publisher | King Mongkut’s University of Technology Thonburi |
| Publication Year | 2564 |
| Journal Title | KMUTT Research and Development Journal |
| Journal Vol. | 44 |
| Journal No. | 3 |
| Page no. | 485-499 |
| Keyword | Gene Clustering Analysis, Gene Expression, Cassava |
| URL Website | https://journal.kmutt.ac.th/ |
| Website title | เว็บไซต์วารสารวิจัยและพัฒนา มจธ. |
| ISSN | 2697-5521 |
| Abstract | Cassava is an important economic crop, both in Thailand and internationally.Advances in sequencing technology have allowed cassava genome to bedeciphered. However, identifying the functions of all genes in the cassavagenome using plant molecular biology laboratory is a tedious andresource-extensive. The present research therefore aimed to predict genefunctions based on their expression profiles using the K-means clusteringmethod and to propose their functions to unknown genes via the use ofGene Set Enrichment Analysis (GSEA). Three tissues of cassava roots, includingstorage root, fibrous root and root apical meristem, were used in the study.The gene expression data were divided into 2 subsets, which are SET1: fibrousroot and root apical meristem and SET2: storage root, fibrous root and rootapical meristem. Cassava genes could be divided into 21 groups and 20 groups,respectively; however, only 14 groups can be assigned the significant functionsin both subsets. 8,561 and 8,727 unknown genes can be assigned the functionsin SET1 and SET2, respectively. Totally, putative related functions can beassigned to 8,736 cassava genes or 26.45 percent of all the genes in the cassavagenome. The results allow 75.38 percent of the genes in the genome to beassigned with their related functions. |
