|
การทำนายโครงสร้างทุติยภูมิของอาร์เอ็นเอด้วยขั้นตอนวิธีเชิงวิวัฒนาการ |
|---|---|
| รหัสดีโอไอ | |
| Title | การทำนายโครงสร้างทุติยภูมิของอาร์เอ็นเอด้วยขั้นตอนวิธีเชิงวิวัฒนาการ |
| Creator | สุภาวดี ศรีคำดี |
| Contributor | ประภาส จงสถิตย์วัฒนา |
| Publisher | จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย |
| Publication Year | 2561 |
| Keyword | อาร์เอ็นเอ, อัลกอริทึม, RNA, Algorithms |
| Abstract | วิทยานิพนธ์นี้นำเสนอขั้นตอนวิธีแบบใหม่ชื่อว่า Hybrid-EDAfold ซึ่งเป็นขั้นตอนวิธีเชิงวิวัฒนาการที่อยู่บนพื้นฐานของขั้นตอนวิธีประมาณการแจกแจงแบบผสมสำหรับทำนายโครงสร้างทุติยภูมิของอาร์เอ็นเอ ขั้นตอนวิธีที่นำเสนอประกอบด้วย 2 ขั้นตอนวิธีประมาณการแจกแจงและดำเนินการอยู่บนเทคนิคการทำนายโครงสร้างที่มีค่าพลังงานต่ำสุด ขั้นตอนวิธีที่นำเสนอใช้ทั้งกลุ่มคำตอบดีและกลุ่มคำตอบด้อยร่วมกันในการปรับปรุงแบบจำลองความน่าจะเป็นเพื่อส่งเสริมให้ขั้นตอนวิธีสามารถค้นหาได้ทั่วทั้งปริภูมิค้นหา ใช้ข้อมูลจากคำตอบด้อยเพื่อบ่งบอกว่าบริเวณไหนไม่น่าสนใจที่จะเข้าไปสำรวจเมื่อต้องดำเนินการกับข้อมูลที่มีจำนวนมิติที่ค่อนข้างสูง วิธีการที่นำเสนอมีการเพิ่มเติมตัวดำเนินการกลายพันธุ์ในขั้นตอนวิธีประมาณการแจกแจงหนึ่งเพื่อสนับสนุนการค้นหาแบบท้องถิ่น ช่วยเพิ่มความหลากหลายของคำตอบและบรรเทาการลู่เข้าก่อนกำหนด นอกจากนี้ วิธีการที่นำเสนอยังรองรับการทำนายหลายโครงสร้างทั้งโครงสร้างที่มีค่าพลังงานต่ำสุดและโครงสร้างที่มีค่าพลังงานต่ำรองเพื่อเพิ่มโอกาสที่จะพบโครงสร้างที่ใกล้เคียงกับโครงสร้างที่เป็นคำตอบมากยิ่งขึ้น การประเมินประสิทธิภาพของขั้นตอนวิธี Hybrid-EDAfold เมื่อเปรียบเทียบกับขั้นตอนวิธีในกลุ่มของกำหนดการพลวัตที่เป็นที่รู้จักกันดี ได้แก่ Mfold, RNAfold และ RNAstructure บนข้อมูลอาร์เอ็นเอจาก 15 ชนิด จำนวน 760 สายลำดับ พบว่า ขั้นตอนวิธี Hybrid-EDAfold มีผลการทำนายเฉลี่ยดีกว่าขั้นตอนวิธีอื่น ๆ ที่นำมาเปรียบเทียบในทุกตัวชี้วัด และ เปรียบเทียบกับขั้นตอนวิธีในกลุ่มเมตาฮิวริสติกด้วยอาร์เอ็นเอ 20 สายลำดับ ผลลัพธ์แสดงให้เห็นว่าวิธีการที่นำเสนอมีค่า F-measure เฉลี่ยดีกว่า RnaPredict และ SARNA-Predict และ มีผลลัพธ์เทียบเคียงได้กับ TL-PSOfold |
| URL Website | cuir.car.chula.ac.th |
