|
การศึกษารูปแบบลำดับนิวคลีโอไทด์บริเวณยีน 16S rRNA ของแบคทีเรีย Paenibacillus polymyxa โดยใช้ความแตกต่างของนิวคลีโอไทด์หนึ่งตำแหน่ง |
|---|---|
| รหัสดีโอไอ | |
| Creator | กนกนาฏ ปราบมาก |
| Title | การศึกษารูปแบบลำดับนิวคลีโอไทด์บริเวณยีน 16S rRNA ของแบคทีเรีย Paenibacillus polymyxa โดยใช้ความแตกต่างของนิวคลีโอไทด์หนึ่งตำแหน่ง |
| Contributor | สุดาทิพย์ จันทร, ภัทรพร คุ้มภัย |
| Publisher | Thammasat University |
| Publication Year | 2562 |
| Journal Title | Thai Journal of Science and Technology |
| Journal Vol. | 8 |
| Journal No. | 1 |
| Page no. | 66-76 |
| Keyword | Paenibacillus, SNP, ยีน 16S rRNA, การจำแนก, สปีชีส์ย่อย |
| URL Website | https://www.tci-thaijo.org/ |
| Website title | THAIJO |
| ISSN | 2286-7333 |
| Abstract | แบคทีเรีย Paenibacillus polymyxa เป็นแบคทีเรียที่มีความสามารถในการผลิตเอนไซม์ไซลาเนส ซึ่งเป็นที่นิยมในอุตสาหกรรมกระดาษและอาหารสัตว์ จึงต้องมีการศึกษาจำแนกและระบุสปีชีส์ เพื่อประโยชน์ในการใช้งานและเก็บรักษาสายพันธุ์ โดยการวิเคราะห์ลำดับนิวคลีโอไทด์บริเวณยีน 16S rRNA เป็นวิธีที่นิยมในปัจจุบัน จากการศึกษาพบว่า P. polymyxa มีจำนวนยีน 16S rRNA 11 - 14 ชุดซ้ำภายในจีโนม แต่ละชุดซ้ำของยีนมีความแตกต่างของนิวคลีโอไทด์ในบางตำแหน่ง ซึ่งเป็นสาเหตุให้เกิดสปีชีส์ย่อยในแบคทีเรีย ดังนั้นในงานวิจัยนี้ได้ศึกษาความแตกต่างของนิวคลีโอไทด์หนึ่งตำแหน่ง (SNP) บริเวณยีน 16S rRNA ภายในสปีชีส์ของ P. polymyxa เพื่อกำหนดรูปแบบลำดับนิวคลีโอไทด์ พบบริเวณที่มีการเปลี่ยนแปลงนิวคลีโอไทด์ทั้งหมด 29 ตำแหน่ง และตำแหน่งที่ 465 - 488 สามารถจัดรูปแบบลำดับนิวคลีโอไทด์บริเวณยีน 16S rRNA ของแบคทีเรีย P. polymyxa ได้ 2 รูปแบบ ซึ่งอยู่ในช่วงที่สามารถเพิ่มปริมาณดีเอ็นเอด้วยไพรเมอร์สากล โดยรูปแบบที่ 1 สามารถระบุ Paenibacillus sp. ไอโซเลต BTK01 ที่แยกจากดินนาข้าว ในจังหวัดกาญจนบุรี เป็น P. polymyxa ไอโซเลต BTK01 มีค่าดัชนีความแตกต่างอยู่ในช่วง 0.000 - 0.0017 กับแบคทีเรีย P. polymyxa โดยข้อมูลนี้สามารถนำมาช่วยปรับปรุงฐานข้อมูล 16S rRNA เพื่อระบุสปีชีส์และสปีชีส์ย่อยของแบคทีเรีย |
