|
การพัฒนาเครื่องหมาย ILP จากยีนที่มีความเกี่ยวข้องกับการสังเคราะห์น้ำตาลซูโครสในอ้อย และการศึกษาโครงสร้างพันธุกรรมอ้อย |
|---|---|
| รหัสดีโอไอ | |
| Creator | 1. ณัฐภัทร พงศ์ศิริพัฒน์ 2. กิตติพัฒน์ อุโฆษกิจ |
| Title | การพัฒนาเครื่องหมาย ILP จากยีนที่มีความเกี่ยวข้องกับการสังเคราะห์น้ำตาลซูโครสในอ้อย และการศึกษาโครงสร้างพันธุกรรมอ้อย |
| Publisher | Genetics Society of Thailand |
| Publication Year | 2558 |
| Journal Title | Thai Journal of Genetics |
| Journal Vol. | 8 |
| Journal No. | 2 |
| Page no. | 111 - 122 |
| Keyword | อ้อย (sugarcane), เครื่องหมายไอแอลพี (ILP markers), โครงสร้างพันธุกรรม (genetic structure) |
| ISSN | 24081310 |
| Abstract | Intron length polymorphism (ILP) markers were developed from genes involving in sucrose metabolism using data from KEGG pathway and a previous study of microarray. Of 121,301 sugarcane ESTs (42,377 sugarcane assembled sequences and 78,924 singleton ESTs), 91 ESTs with predicted function in sucrose metabolism were obtained. Intron positions were determined by aligning the ESTs with genomic sequences of sorghum. The conserved sequences flanking the intron regions were used to design 195 ILP markers. The ILP markers were deployed to assess population structure of 200 sugarcane cultivars (Saccharum spp. L.). The polymorphic 89 alleles were detected. The average polymorphism information content (PIC) was 0.23. The number of subpopulations (K) of 200 sugarcane cultivars was two (K=2). Subpopulation I consisted of most sugarcane varieties sharing the common parent of POJ2878 while most sugarcane varieties in subpopulation II related to the common parent of Trojan and Nco310. The ILP markers developed in this study had a potential for utilizing in association mapping of sucrose content in sugarcane. The knowledge of population structure obtained in this study should be useful to future breeding programs for increasing genetic diversity of sugarcane varieties. |
